Прошивку для телефона вы выбираете от производителя, она ни под Линукс ни под Виндовс, она под телефон (у неё свой формат)
Каким софтом шить Вам выбирать, самая качественная прошивка боксами: которые стоят денег. (бесплатными прогами - хуже-рискованее)
А вот софт боксов в основном разработан под windows XP, поэтому если хотите качественно прошить телефон - покупайте бокс (например Z3X)
Если найдёте драйверы к телефону под Linux и бесплатный прошивальщик под Linux, то скорее всего качественно убьёте телефон...