Бекапить? А какой например случай, просто я не пойму. Полностью бэкапить всю структуру базы может быть проблематично, так как в базе данных, физически, данные от разных пользователей находятся в одних и тех же таблицах, как бы вперемешку. И сбекапить то можно, но как потом обратно восстановить данные в общей базе для конкретного пользователя - это крайне геморная и трудно выполнимая задача. Другое дело - бекапить все сразу, в этом случае создается единый образ, со всеми связями между таблицами.
Если вы переживаете о том, что в один прекрасный момент сайт умрет, и ваши данные останутся недоступны вам, можно подумать над тем, чтобы экспортировать например в Excel какие то конкретные данные, например историю заказов.