В "samsung 3G tool" под изображением телефона есть надпись "manual", нажмите на неё и там будет все написано. Ну и в окошке выбора com-порта нужно будет ставить тот, на котором определится телефон.
P.S. Отдельно инструкций по работе с программатором я не встречал, но специально не искал...