проверить джамперы; проверить последовательность подключения винтов к шине(возможно винт с виндой стоит как slavery, или подключён к порту IDE2 или как cableselected///) запустить с одним винтом; открыть и проверить БП, возможно вспухли кондёры, винты не любят повышения пульсаций...; кондёры на материнке, особенно рядом с IDE разъёмами;

а, вообще, смахивает на конфликт оборудования!!!