Полностью шить телефон не обязательно! ява хранится в FS, так что Main трогать не нужно, достаточно пролить FS только такой же саомй версии как main залит в телефоне, и зделать финализацию.
Хотя как сказано выше лучше яву хранить на памяти телефона,никогда не будет мороки как с ява-машиной, так и с "размножающимися" играми.