Надо телефон прошивать, это поможет, и на будущее не вытаскивайте флешки из телефона при включеных приложениях и не выдергивайте кабель от компа не нажав
А вообще яву лучше держать в телефоне!! и надежнее, и даже если с прошивой что-то случится, то все равно с явой на карте уже ничего не сделаешь!!